À partir de 2001, année de la reconnaissance de L’Ile Bouchard comme lieu de pèlerinage et de grâce pour tous les pèlerins, le sanctuaire est confié au curé légitime de la Paroisse de L’Ile Bouchard.

Depuis 1998, la paroisse est sous la responsabilité d’un curé membre de la Communauté de l’Emmanuel.

La particularité de ce lieu est le lien entre la paroisse et le sanctuaire : Marie est apparue dans l’église paroissiale. Dès lors, l’équipe des prêtres a la charge des paroisses et du sanctuaire et son animation est assurée par la communauté de l’Emmanuel.